Nació en Toledo, donde recibió una primera formación humanística. Posteriormente se formó como "aparejador" o ayudante de Herrera, en la construcción del Escorial. En 1586 se encontraba en Sevilla, donde había adquirido notoriedad como arquitecto. En ese año pasaba por la ciudad el Ingeniero militar Tiburcio Spanochi, quien le admite como Ingeniero extraordinario (ayudante). Comenzaba así Rojas una intensa carrera militar que le llevaría a Bretaña, en la que construiría varios fuertes, y posteriormente a Cádiz desde donde, además de trabajar en sus fortificaciones, llevaba a cabo numerosos viajes a Tarifa y Gibraltar para realizar trazas de sus puertos y defensas. Autor del primer tratado de Fortificación impreso en España (1598, "Teoría y Práctica de la Fortificación ..."), fue profesor de la "Academia de Matemáticas y Fortificación de Madrid", muriendo en 1614, de secuelas del contagio de una enfermedad epidémica contraída en la expedición española al puerto de la Mármora, en la que iba como tal ingeniero militar.

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